דילוג למדריך
מדריך Admixture Studio

נתחו מקטעים נבחרים
של DNA

הגדירו את גבולות המקטעים, הפעילו את המחשבון שנבחר והשוו דמיון גנטי לפי המודל.

קריאת המדריך

Admixture Studio מאפשר לנתח מקטעים נבחרים מקובץ גולמי ולהשוות איך המודל מתאר אותם, כולל מקטעים שגבולותיהם מופיעים בקובץ הרכב גנטי משירות אחר.

שלב 01

הכינו תבנית מקטעים

צרו תבנית טקסט בפנקס הרשימות עם עמודות של כרומוזום, נקודת התחלה ונקודת סיום.

תבנית מקטעים
Chromosome,Start Point,End Point
7,32000000,43000000

תבנית מקטעים בעורך טקסט
הכרומוזום ושתי קואורדינטות ההתחלה והסיום מגדירים את המקטע.
שלב 02

הדביקו את הגבולות ובדקו אותם

העתיקו את התבנית ולחצו על כפתור ההדבקה (Paste) בלוח המקטע לניתוח (Segment to Analyze), ואז בדקו את המקטעים שנוספו.

כפתור ההדבקה בלוח המקטע לניתוח
הדביקו את התבנית המוכנה ביישום.
מקטע שנוסף ב-Admixture Studio
בדקו את רשימת המקטעים לפני הפעלת המחשבון.
שלב 03

הפעילו את המחשבון שנבחר

אחרי השלמת הבחירה, הפעילו את המחשבון במצב ניתוח גנום מלא (Genomewide) על קובץ הגולמי היעד, ובדקו את התוצאות תוך התחשבות בשיטה, בהגדרות ובייחוסים.

חלון התוצאות ב-Admixture Studio
קראו את הפלט בהקשר של המחשבון והייחוסים שבהם השתמשתם.

מחשבון אחר או קבוצת ייחוס אחרת עשויים לתת קריאה שונה לאותם מקטעים. ההשוואה אינה אימות עצמאי של מסקנה על שושלת.

פורמט קלט נוסף

קובץ Ancestry Composition בפורמט CSV מ-23andMe

אם יש לכם קובץ ייצוא תואם, העתיקו את המקטעים לניתוח לקובץ טקסט חדש והוסיפו את הכותרת הזו בשורה הראשונה:

כותרת עמודות CSV
Ancestry,Copy,Chromosome,Start Point,End Point

הדוגמה מבהירה את מבנה העמודות הצפוי. בדקו את התוויות של קובץ הייצוא ואת מערכת הקואורדינטות שלו לפני השימוש בנתונים שלכם.

דוגמת CSV
Ancestry,Copy,Chromosome,Start Point,End Point
Northwestern European,2,chr6,120583383,170919470
Northwestern European,1,chr7,127233279,142841959
Northwestern European,1,chr7,145109518,146814694
Northwestern European,1,chr7,148036377,149542524
Northwestern European,2,chr12,3155321,95931927

הפעילו את המחשבון שנבחר על הקובץ הגולמי ואז בדקו את הפלט בדף התוצאות. פורמטי הייצוא וממשקי היישומים עשויים להשתנות. צילומי המסך מתעדים את שלבי המדריך הזה.

דוגמה לחלון תוצאות אחרי ניתוח קובץ הגולמי היעד
דוגמה להמחשה של ממשק התוצאות. התמונה אינה מציגה ניתוח חדש של הקובץ שלכם.