Vos lectures.
Une autre référence.
Alignez des lectures FASTQ prises en charge sur T2T-CHM13 v2.0. Recevez un BAM indexé et des statistiques d'alignement pour un flux de recherche utilisant cette référence.
$62.52Une commande · Le service et les exigences finales de fichier sont confirmés au paiement
Sortie d'alignement uniquement. L'appel de variants et un VCF ne sont pas inclus dans ce pack.
Le choix de référence modifie le contexte d'analyse.
Choisissez ce service lorsque votre flux suivant a besoin de lectures alignées sur T2T-CHM13. La sortie est un alignement à examiner et à utiliser dans des outils de recherche compatibles.
- BAM trié par coordonnéesLectures de séquençage alignées sur T2T-CHM13 v2.0, prêtes pour des outils configurés avec la même référence.
- Index BAML'index BAI correspondant permet d'accéder aux régions génomiques dans des logiciels compatibles.
- Statistiques d'alignementStatistiques d'alignement et métriques de synthèse de couverture pour examiner la sortie du traitement.
- Périmètre de pack expliciteLes appels de variants VCF, l'annotation et une conversion RAW en génotypes ne sont pas inclus. Commander l'alignement ne commande pas ces opérations distinctes.
La référence compte. La source aussi.
Conservez des assemblages de référence cohérents entre l'alignement et votre analyse suivante. Les lectures existantes, leur qualité et le contenu des fichiers restent les limites du flux.
Consulter la compatibilité des fichiers- Fichiers de lectures
- FASTQ et FASTQ.GZ compressé pris en charge, avec l'ensemble complet single-end ou paired-end pour une personne.
- Plateforme de séquençage
- Le service existant décrit le traitement short-read et long-read. Confirmez votre plateforme et le type de lecture avant de commander si l'adéquation est incertaine.
- Contexte de référence
- La sortie utilise T2T-CHM13 v2.0. Les coordonnées, annotations et outils en aval doivent correspondre à cette référence.
Des lectures source à un alignement vérifié.
L'achat et le transfert de fichier sont des étapes distinctes. Suivez les instructions du service sur votre commande.
Confirmer le jeu de lectures
Identifiez la plateforme, l'appariement et le flux de recherche qui nécessite un alignement T2T.
Fournir les fichiers pour la commande
Finalisez l'achat existant et suivez les instructions de transfert de la commande. Confirmez que tout lien de fichier partagé permet le téléchargement prévu.
Examiner le pack d'alignement
Inspectez ensemble le BAM, l'index et les statistiques. Utilisez des ressources de référence cohérentes dans l'analyse suivante.
Le pack que vous commandez.
Consultez ensemble les livrables et les exigences d'entrée. Les prix affichés utilisent votre devise d'affichage ; la facturation est en EUR.
Service existant / Une commande
Alignement FASTQ vers T2T
Sortie d'alignement uniquement. L'appel de variants et un VCF ne sont pas inclus dans ce pack.
$62.52
Votre achat en un coup d’œil
- Vous recevez
- Lectures de séquençage alignées sur la référence T2T-CHM13 v2.0, avec index et statistiques. BAM trié par coordonnées, index BAI et fichiers de statistiques d'alignement.
- Couvre
- Une commande d'alignement pour l'ensemble de lectures FASTQ compatible.
- Accès
- Traitement d'alignement en une seule fois ; utilisez les dates de disponibilité indiquées pour les téléchargements livrés.
- Il vous faut
- Lectures FASTQ compatibles et l'ensemble complet requis par la commande. Vérifiez d'abord la plateforme, le paired-end et les exigences de transfert.
- Non inclus
- L'appel de variants, la sortie VCF et le nouveau séquençage ne sont pas inclus. Une référence différente ne garantit pas une meilleure couverture.
Après l’achatEnvoyez l'ensemble de lectures selon les instructions de transfert de la commande. Suivez l'état du traitement, puis téléchargez le BAM, l'index et les statistiques depuis le produit acheté lorsqu'ils sont disponibles.
Ouvrir vos achats (en anglais)- BAM trié par coordonnées
- Index BAM
- Statistiques d'alignement
- Périmètre de pack explicite
Sortie d'alignement uniquement. L'appel de variants et un VCF ne sont pas inclus dans ce pack. La conversion ne garantit pas l'acceptation par un service tiers.
Comprenez le traitement avant de partager.
Il s'agit d'un service géré, et non d'un calcul local dans le navigateur. Consultez la finalité indiquée, les instructions d'envoi et les informations de conservation avant de fournir un fichier génétique.
Lire la politique de confidentialité (en anglais)- Choisir la finalité
- Utilisez les instructions du service que vous avez commandé. Stockage, réception, validation et traitement terminé sont des étapes distinctes.
- Conserver la source
- Gardez une sauvegarde d'origine et téléchargez la sortie dont vous avez besoin. Consultez les mentions de téléversement et de résultat pour la durée de conservation applicable.
- Limites de recherche
- La sortie prend en charge des flux de recherche compatibles. Ce n'est pas un diagnostic clinique, une recommandation médicale ni une preuve d'identité.
Gardez les limites claires.
La bonne entrée et une spécification de sortie claire facilitent la suite.
Lire la documentation de référence T2TQu'est-ce que T2T-CHM13 ?
Il s'agit d'un assemblage de référence humain du projet Telomere-to-Telomere. Ce service utilise la référence v2.0 indiquée pour l'alignement. Un assemblage de référence n'est pas une reconstruction de votre génome personnel.
Cela inclut-il un VCF ?
Non. Ce pack fournit le BAM aligné, son index BAI et les statistiques d'alignement. L'appel de variants est une opération distincte et n'est pas inclus.
Est-ce la même chose que le liftover ?
Non. L'alignement place les lectures de séquençage sur une référence. Le liftover convertit des coordonnées de variants existants entre assemblages pris en charge ; il ne réaligne pas les lectures d'origine.
Puis-je fournir un BAM ou CRAM existant ?
Utilisez le service distinct BAM/CRAM vers T2T pour des alignements existants. Cette page concerne des entrées de lectures FASTQ prises en charge.
Une meilleure couverture est-elle garantie ?
Non. La référence modifie le contexte d'alignement, mais l'information disponible dépend toujours des lectures d'origine, de leur qualité et de leur profondeur. Cela ne séquence pas de nouvel ADN.
Comment fournir les fichiers et vérifier les délais ?
Suivez les instructions de transfert de la commande et contactez l'assistance si un lien de fichier ou un type de lecture doit être vérifié. Le traitement dépend de la taille d'entrée et de la charge ; cette page ne promet pas de délai de fin.
Puis-je utiliser ceci pour des décisions cliniques ?
Non. Il s'agit d'un service de traitement pour la recherche. Il n'est pas validé comme test de diagnostic clinique et ne doit pas guider des décisions médicales.
Une autre entrée ?
Un autre service.
BAM/CRAM vers T2T
Réalignez des lectures à partir d'un alignement existant.
Découvrir le serviceFASTQ vers RAW
Vous avez besoin du pack de conversion en génotypes plutôt que d'une sortie alignement seule ?
Découvrir le serviceChoisissez la référence dont votre flux a besoin.
Consultez la source, les livrables et les exigences du service avant de continuer.