Un outil peut attendre un génome de référence différent de celui de votre fichier. Le liftover détecte le génome source et reprojette les données RAW ou VCF prises en charge vers l'autre version.
$15.63Service ponctuel. Sans abonnement.
La reprojection de coordonnées n'est ni un nouveau séquençage ni de l'imputation. Les positions qui ne peuvent pas être mappées sans ambiguïté sont exclues.
Les deux parcours reprojetent des coordonnées prises en charge. Les formats de téléchargement diffèrent et aucun n'ajoute de positions non testées.
Utilisez un export RAW compatible en HG19 ou HG38. Le génome converti est fourni sous forme de fichier RAW archivé en ZIP et d'un VCF compressé contenant les mêmes positions testées.
Utilisez un VCF compatible, brut ou compressé, en HG19 ou HG38. Le résultat est un VCF compressé dans l'autre génome de référence.
Confirmez d'abord le génome de référence attendu par votre prochain outil. Utilisez la conversion lorsque le génome source pris en charge est différent.
Suivez les instructions d'envoi de fichier pour votre commande. Les entrées prises en charge incluent les exports RAW grand public et les fichiers VCF bruts ou compressés.
Le génome source est détecté et les positions prises en charge sont reprojetées vers l'autre version. Les positions ambiguës ou non mappables sont exclues.
Utilisez le format livré adapté à votre prochain outil et confirmez ses exigences de génome et de couverture avant de partager le résultat.
Les assemblages de référence diffèrent. Une position qui se reprojette clairement dans une région peut ne pas avoir de contrepartie sans ambiguïté dans un autre génome.
Choisissez le service après avoir vérifié si la destination attend HG19 ou HG38. Le type de fichier détermine les formats de sortie disponibles.
Service de conversion ponctuel
Reprojette un fichier RAW ou VCF compatible de HG19/GRCh37 vers HG38/GRCh38, ou dans l'autre sens.
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Votre achat en un coup d’œil
Après l’achatSuivez les instructions d'envoi de la commande. Téléchargez le fichier converti depuis le produit acheté et conservez l'identification de son assemblage de référence de sortie.
Ouvrir vos achats (en anglais)Suivez les instructions d'envoi de fichier indiquées pour votre commande. Consultez les informations sur le traitement, le consentement et la conservation dans ce flux, ainsi que la privacy policy (en anglais). Usage recherche et enseignement uniquement ; ces fichiers convertis ne doivent pas servir au diagnostic clinique ni à des décisions médicales.
Les coordonnées de référence indiquent où se situe un enregistrement, et non si de l'ADN supplémentaire a été mesuré.
Un génome de référence est le système de coordonnées utilisé pour décrire les positions sur chaque chromosome. HG19/GRCh37 et HG38/GRCh38 sont des versions distinctes ; l'outil en aval peut exiger l'une ou l'autre.
Le service détecte si une entrée compatible est en HG19 ou HG38 et convertit vers l'autre version. Vérifiez tout de même celui qu'exige votre outil de destination.
Les entrées prises en charge incluent les exports RAW ADN compatibles et les fichiers VCF, bruts ou compressés, en HG19/GRCh37 ou HG38/GRCh38. Contactez le support si le format ou le génome source n'est pas clair.
Pour une entrée RAW, vous recevez un fichier RAW au format consommateur dans une archive ZIP et un VCF compressé des mêmes positions testées et reprojetées dans le génome converti. Le VCF n'est pas un fichier de génome entier.
Pour une entrée VCF, vous recevez un VCF compressé dans l'autre génome de référence pris en charge.
Oui. Les positions sans correspondance sans ambiguïté entre HG19 et HG38 sont exclues. Conservez votre fichier d'origine et contrôlez le résultat converti avant toute utilisation en aval.
Non. Ce service reprojette des coordonnées compatibles existantes entre HG19 et HG38. Il ne réaligne pas les lectures de séquençage, ne crée pas un assemblage et n'infère pas de variants non typés.
Non. Le liftover est destiné aux flux de recherche et d'enseignement. Les fichiers convertis ne doivent pas servir au diagnostic clinique ni à des décisions médicales.
Si vos coordonnées sont déjà dans le bon génome, une conversion de format peut être le service adapté.
Représenter des enregistrements RAW compatibles dans un fichier de variants.
Découvrir RAW vers VCFPréparer des données de variants compatibles en texte RAW.
Découvrir VCF vers RAWVérifiez le génome requis, conservez votre fichier d'origine et commandez le liftover HG19/HG38 adapté.
DNA Genics élabore des rapports de similarité génétique et d’analyse ADN depuis 2018. Nos rapports reposent sur des années de travail avec nos propres panneaux de référence, calculateurs et comparaisons à des génomes anciens, développés et revus par notre équipe. Ils ne sont pas générés à la volée ni assemblés comme projet annexe. Nous n’utilisons l’IA que dans des fonctionnalités optionnelles clairement identifiées.
